昔、神功皇后が三韓征伐から帰国する際に、瀬戸内海で荒れる嵐に遭いました。 船が沈みそうになったとき、皇后が神に祈ると、「船の帆を海に投げ、それが向かう方に船を steered」とお告げが下りました。 皇后がその通りにすると、友ヶ島という島にたどり着きました。島には少彦名命と大己貴命が祀られており、皇后は救助への感謝の気持ちを込めて、戦利品をお供えしました。 数年後、皇后の孫である仁徳天皇が友ヶ島で狩りを行った際、その故事を聞きました。そこで、島民が不便ないように、島から向かい側の加太に神社を移築し、神殿を建立しました。これが、加太淡島神社の起源です。